乳腺纤维腺瘤的治疗原则主要就是手术，但是并不是只要发现就需要手术，其手术时机和手术方式可以比较灵活地掌握。如果影像学检查提示BI-RADS 3级、肿块直径小于2cm，可以暂不手术，定期随诊观察即可。如果随诊过程中肿块的大小无明显变化、性质稳定，就可以继续观察，不做手术。如果肿块较大，或者生长较为迅速，或者持续增大，就建议手术切除。手术切口可以根据肿块的位置、大小、数量等来决定，兼顾美观，常用的有沿乳晕边缘弧形切口、乳房下缘弧形切口等。超声引导下微创旋切术也是十分有效的切除方法，切口很小，一般不用缝针，可以做到兼顾美观，因此，可以代替绝大多数开放手术。由于纤维腺瘤存在复发、再发风险，所以切除术前患者应充分知情，术后要定期复查。

此外，超声引导下微创旋切手术是在超声引导下进行的，医生边切边观察超声图像的变化，可以切得完整干净。特别是对于一些体积较小的肿瘤，例如多发的小纤维腺瘤，由于不可触及，肉眼也看不清，开放手术反而较难操作。但是对于尚未哺乳的年轻女性，为减少对乳腺导管的损伤，有时可以选择行沿乳晕放射状切口开放手术，避免行微创旋切术。

纤维腺瘤切除后有复发、再发可能，一方面是因为该病本身就有多发的可能，另一方面是因为手术不一定能将病灶完整切除，有些肉眼看不见的微小病灶可能散在正常腺体之中。被切除的肿瘤以外的乳腺内或对侧乳腺内术后再发生同样的肿瘤，不应认为是复发，严格地说，应为多发倾向。在原位又重新出现此肿瘤者才是复发。需要注意的是，乳腺纤维腺瘤反复复发时应警惕叶状肿瘤的可能，对叶状肿瘤需要更积极地进行处理。